Le 13 avril 2024, Sandra Muhoza a été arrêtée par des agents du Service National de Renseignement (SNR) après avoir été attirée dans un guet-apens sous prétexte d’une interview avec un homme d’affaires à Ngozi. Elle a été transférée au siège du SNR le lendemain. Elle est incarcérée à la prison centrale de Mpimba depuis le 19 avril 2024.  

Son procès s’est tenu le 12 novembre 2024 devant le Tribunal de Grande Instance de Mukaza à Bujumbura. Les accusations portaient sur des propos échangés dans un groupe WhatsApp privé réunissant des journalistes burundais, où elle évoquait la perte de ses parents lors des violences qui ont suivi l’assassinat du président Melchior Ndadaye en 1993, tout en relayant une information sur une présumée distribution de machettes par le gouvernement. Malgré l’absence de preuves solides, le ministère public a requis douze ans de prison ferme, dont dix ans pour « atteinte à l’intégrité du territoire national » et deux ans pour « aversion raciale », ainsi qu’une amende d’un million de francs burundais (environ 320 euros).